部分企业就药品电子监管码实施过程中有关问题提出意见，对此，2月6日国家食品药品监管总局新闻发言人表示，将妥善解决电子监管码等历史遗留问题。
根据国务院办公厅2015年12月印发的《关于加快推进重要产品追溯体系建设的意见》要求，建立健全食品药品追溯管理制度是食品药品生产经营企业的主体责任，所有食品药品生产经营企业都必须对其生产和销售的产品做到来源可查、去向可追，并承担全部法律责任。食品药品监管部门可以给予必要指导。
发言人表示，对2006年以来原国家食品药品监管局委托有关企业建设运营药品电子监管系统的历史遗留问题，对部分企业提出的实施电子监管码过程中有关问题的意见，国家总局正在认真研究并将作出妥善处理。各项监管措施的制定都要充分考虑其经济性、有效性、公平性、合法性，广泛听取各方面意见，取得行政相对人的理解、配合与支持，共同维护广大消费者利益。